L'instance de décision et de gestion du Parc s’appelle un syndicat mixte, administré par un comité syndical composé de délégués élus, désignés par les collectivités qui adhérent au Parc.
Le comité syndical du Parc naturel régional du Perche est donc composé de :
- 3 délégués de la région Basse-Normandie
- 2 délégués de la région Centre-Val de Loire
- 3 délégués du département de l'Orne
- 2 délégués du département d'Eure-et-Loir
- 1 à 3 délégués par commune, selon sa taille.
Soit un total de 169 délégués.
Le comité syndical élit en son sein un bureau composé de 21 membres qui se réunissent tous les mois. Il prépare les programmes d’action du Parc, les propositions budgétaires du syndicat mixte et l'ordre du jour des comités syndicaux. Il assure le fonctionnement courant et le suivi de la réalisation des actions et des programmes du Syndicat Mixte, dans la limite des pouvoirs qui lui ont été délégués par le Comité Syndical. Il veille au respect des engagements pris dans le cadre de la Charte, et assure par ses actions et ses initiatives l’animation du Parc au plan institutionnel, partenarial et territorial.
Les membres du comité syndical délibèrent sur la base des avis formulés par les représentants des commissions de travail thématiques. Chaque délégué peut s’investir dans une ou plusieurs commissions : agriculture, communication, culture, environnement-énergie, tourisme, aménagement durable.